命存学では、命存を存態・類態・種属・存種・亜種の五階層で分類する。

命存の様態による第一位の分類を存態という。存態には動物・植物・菌蕈の三種がある。存態は、三元素の様態による実存論の分類と概ね対応する。動物は獣、植物は妖、菌蕈は菌に相当する。

存態を生態や形態で細分した第二位の分類を類態という。動物には鳥や魚、植物には樹木や花茎などの類態がある。

命存の基本的な種類である第四位の分類を存種という。存種は主に形態によって判別される。

近縁の複数の存種からなる第三位の分類を種属という。存種の変種・適応種・品種などの第五位の分類を亜種という。

全ての存種は存態に分類される。ある存種に対し、類態・種属・亜種が存在しないことがある。

命存学と一般社会の分類が一致しない場合がある。イルカは、命存学では魚類に分類されないが、一般的には魚に分類される。

命存学と実存論で分類が一致しない場合がある。植物は、命存学では全て植物態だが、実存論では妖と獣に分類される。

親が同一の子らを同血という。

識子場の粒子性と波動性の均衡を性という。個体の肉の経験は魂の記憶となり、識子場において、魂の記憶は新たな肉を励起する。このため、個体の躰は、その履歴を反映した特徴を帯び、一般的にはこれが性と理解される。性が未決定の状態を未性という。未熟な未性の個体が、自らの生存に有利と判断した特定の行動を重ねる過程で、識子場の性質が偏向し、肉と魂は後天的に性を獲得する。識子場の粒子性が高いと雄性、波動性が高いと雌性、両者が完全に平衡していると無性となる。未性の個体を童、雄性の個体を雄、雌性の個体を雌、無性の個体を竝という。特に、創界人の雄を男、雌を女という。雄性と雌性を有性といい、等しい有性の組を同性、異なる有性の組を異性という。一般的に、異性は惹かれ合う。交配は、未性を除く三つの性間で可能であり、性は繁殖に影響しない。異性間の子は無性的となり、同性間の子は親の性傾向を継承する。

睡眠は、「魂と肉の結合」に不可欠な行動である。粒子性の識子である肉の経験は、波動性の識子である魂へと変換される。魂と肉を結合させるためには、一定時間、肉と魂の運動を停止する必要がある。動物は、躰を安静にして睡眠を取り、その時間を確保する。睡眠中に肉と結合しなかった余剰の魂は、夢として現れ、異界へと消える。

樹木・花茎・草本・菜果・緑遊の五種に分類される。

常界全域に分布する常界菌、創界に分布する創界菌、冥界に分布する冥界菌、異界に分布する異界菌の四種に分類される。